Le rez-de-chaussée du clocher roman à baies géminées constituait le chœur de l’église médiévale Saint-Jean-Baptiste.
Des peintures murales récemment restaurées présentent notamment un couronnement de la Vierge et plusieurs figures de saints.
En 1777, le pasteur Oberlin remplace l’ancienne nef par un espace plus conforme au culte protestant, les bancs et les tribunes étant répartis sur trois côtés et centrés vers la chaire.

L’église de Fouday est surtout liée à la personnalité du pasteur Jean Frédéric Oberlin, dont la dépouille repose dans le cimetière attenant. Sur la croix de fer qui surmonte sa tombe, on y lit « Papa Oberlin », témoignage de la reconnaissance de ses paroissiens pour son œuvre sociale, pédagogique et spirituelle.
L’ensemble du site formé par l’église et le cimetière est classé monument historique.